Il blocco operatorio di Villa Montallegro è costituito da quattro sale, tre per la chirurgia generale e una per la chirurgia ambulatoriale; tutte le sale operatorie sono equipaggiate di moderne attrezzature per l'anestesia e la rianimazione e di uno strumentario completo per la chirurgia generale e le sue diverse articolazioni.
Il personale infermieristico altamente specializzato e una scrupolosa quanto minuziosa organizzazione permettono di assicurare il continuo funzionamento del reparto, facendo di Villa Montallegro e delle sue strutture il polo per la chirurgia generale e ambulatoriale più affidabile di Genova e fra i più professionali d'Italia con oltre 2500 prestazioni annue e una schiera di collaboratori scelta fra i più prestigiosi nomi della medicina.
La casa di cura ospita anche una sala per la terapia intensiva post-chirurgica per il monitoraggio post-operatorio dei degenti sottoposti a interventi di chirurgia generale complessi e per il trattamento dei degenti in condizioni critiche.